员工擅自离职给公司造成损失时，公司可以根据劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。赔偿方式通常包括以下几种：
工资扣除：
公司可以从员工工资中扣除赔偿金，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
加班费：
如果员工在离职前未获得应得的加班费，可以一并要求支付。
违约金：
如果员工和公司之间有培训协议或保密协议，并且员工违反了协议中的条款，可能需要支付违约金。
实际损失：
公司追偿损失时，必须以实际发生的损失为准，并考虑员工的过错程度及工资收入情况。
需要注意的是，赔偿的具体数额和方式应依据劳动合同的具体条款以及适用的法律规定来确定。如果劳动合同中没有明确约定，或者赔偿方式与法律规定不符，公司可能需要通过法律途径解决争议。
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