当企业发现员工存在拿回扣行为时，可以采取以下措施来处理：
内部调查与处理
查阅相关记录：通过财务记录、客户反馈和内部监控系统来查明员工是否存在违规行为。
认定违规行为：一旦确认员工确实存在拿回扣行为，公司应根据内部规章制度进行处罚，包括警告、罚款、降职或调岗等，并要求员工退还所有非法所得。
法律追究
报警处理：如果员工拿回扣的金额较大，或行为严重损害了公司利益，公司可以选择报警，由司法机关介入调查。
追究刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，员工可能会面临挪用资金罪或非国家工作人员受贿罪的指控。一旦员工被依法追究刑事责任，公司可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，解除与该员工的劳动合同，且无需支付经济补偿。
预防措施
完善内部控制制度：企业应建立一套完善的内部控制制度，规范员工的业务行为，明确禁止员工收受回扣。制度应包括员工行为准则、业务流程审批、财务报销审核等环节，确保业务活动的透明度和合规性。
采用技术手段进行监控：利用监控软件如安企神等，监控员工的电脑活动，确保业务活动的透明度和合规性。
发现员工拿回扣的方法
建立完善的内部控制制度：企业应建立一套完善的内部控制制度，规范员工的业务行为，明确禁止员工收受回扣。制度应包括员工行为准则、业务流程审批、财务报销审核等环节，确保业务活动的透明度和合规性。
采用技术手段进行监控：利用监控软件如安企神等，监控员工的电脑活动，确保业务活动的透明度和合规性。
其他处理方式
立即停止违规行为：一旦发现员工存在拿回扣等违规行为，应立即停止该行为，并要求其立即归还相关款项，避免造成不良后果。
内部处理：如果吃回扣的金额较小，且未对公司造成重大损失，公司可以选择依据内部规章制度进行处罚，如警告、记过、罚款、降职或调岗等。要求员工退还所有非法所得，若员工拒绝退还，公司有权通过法律途径追究其责任。
综上所述，企业在处理员工拿回扣行为时，应采取多种措施，包括内部调查、法律追究、预防措施等，以确保公司利益不受损害，并维护市场的公平竞争环境。
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