处理不合格水泥的方法如下：
保存现场证据：
首先要做的是保存出现质量问题的工程及未使用完的水泥的现场证据，并立即停止继续使用。同时，通知监理方或其他现场第三方，并有权向质量监督机构进行投诉。
通知厂家或销售商：
联系水泥的厂家或销售商，要求他们到现场了解情况，并寻求解决方案。
保存剩余水泥：
保存好剩余的水泥作为索赔证据，以便在后续的协商或诉讼中使用。
质量检测：
找一个有资质的水泥质量检测机构（与该水泥厂没有任何关系）对该批次水泥进行质量检测，包括强度、凝结时间和安定性等指标。
协商解决方案：
在保留证据的同时，与厂家或销售商进行沟通，尝试协商解决方案。解决方案可能包括更换合格的水泥、赔偿损失等。
法律途径：
如果无法通过协商解决，可以寻求法律途径，进行诉讼索赔，并委托进行质量鉴定，计算损失。
注意法律依据：
在处理过程中，可以参考《中华人民共和国产品质量法》等相关法律法规，确保自身权益得到保障。
通过以上步骤，可以有效地处理不合格水泥问题，并尽可能减少对工程的影响和损失。
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