摩托车驾驶证被扣12分后，驾驶人需要按照以下步骤处理：
停止驾驶
被扣满12分后，驾驶人需要立即停止驾驶摩托车，否则将面临行政处罚。
学习培训
驾驶人需要参加由交通管理部门认可的摩托车驾驶培训课程，以便重新获取驾驶资格。培训时间为期7天，每天8个学时。
补考科目
在完成学习培训后，驾驶人需要参加交通管理部门组织的补考科目考试。考试内容包括道路交通安全法律、法规和相关知识。考试合格后，部分驾驶分数将被恢复。
等待恢复分数
补考科目通过后，驾驶人需要等待一定时间后才能恢复一定的驾驶分数。具体时间根据地区和情况而定。
重新领取驾驶证
学习和考试全部合格后，记分将被清除，并会发还机动车驾驶证。
建议：
驾驶人应尽快到指定的交通管理部门参加学习和考试，以免延误恢复驾驶资格的时间。同时，重新获得驾驶资格后，应严格遵守交通法规，避免再次扣分。
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